Сергей Владимирович Плахотников закончил факультет педагогики и психологии Московского государственного педагогического университета. Проработал 17 лет учителем начальных классов в московской школе № 1811. Преподавал социоигровую педагогику в МГППУ, работал в Институте инноваций в образовании под руководством В. В. Слободчикова и в Институте дошкольного образования им. А. В. Запорожца под руководством Л. А. Парамоновой. Был одним из создателей и директором «Хорошевской прогимназии» («Хорошколы»), создателем и руководителем начальной школы «Новая школа» на Мосфильмовской.
В данный момент Сергей Владимирович руководит региональным проектом по развитию качества дошкольного образования «Татнефть и детство. Диалог с будущим» в Республике Татарстан. Также является сооснователем и генеральным директором компании «Бабашки», которая производит развивающую среду для детских садов и начальных школ.